También cuenta con colecciones y conjuntos de marca Jordan y de la tienda camisetas detroit pistons NBA. La institución cuenta con varias instituciones en todo el país y dos en el exterior, en Antioquia está presente en los municipios de Segovia, Apartadó, Yarumal, Medellín, Rionegro, Vegachí y San Roque, y en los departamentos de Arauca, Bolívar, Chocó, Caquetá, Casanare, Meta, Risaralda, San Andrés, Providencia y Santa Catalina, Sucre, Valle del Cauca y en la capital, Bogotá. Fuera del país cuenta con escuelas en Miami y Orlando (Florida, Estados Unidos). El recubrimiento de los asientos del estadio están en gris, esto debido a que es un color neutro tanto para el Bayern (rojo) como lo era para el 1860 Múnich (azul), equipo que hasta la temporada 2016-17 hacía vida en el estadio. La siguiente temporada 2005-06 continuó Marcos Alonso hasta la jornada 25 cuando fue cesado y sustituido por Alfredo Merino Tamayo, que concluyó con el equipo en 10.ª posición. Históricamente las categorías inferiores o divisiones menores del club han sido grandes protagonistas en el aporte de jugadores al equipo profesional. Durante el segundo semestre de 2017 asumió la dirección del equipo el español Juan Manuel Lillo quien tuvo poca simpatía con la hinchada y renunció luego de que Nacional quedase eliminado en el Torneo Finalización a manos del Deportes Tolima.
El primer presidente que tuvo Atlético Nacional luego de su fundación fue Luis Alberto Villegas Lopera (expresidente de la Liga Antioqueña de fútbol), quien junto a Júlio Ortiz, Jorge Osorio Cadavid, Jorge Gómez, Arturo Torres, Gilberto Molina, Alberto Eastman y Raúl Zapata Lotero crearon la sociedad con el fin de estimular los deportes y establecer el fútbol y el baloncesto profesional en Antioquia. Durante la dirección del argentino, Nacional perdió en casa la Superliga y aunque logró llevar al equipo a la final del Torneo Apertura 2018, el club fue derrotado por el Deportes Tolima. Fue bajo su presidencia (cuatro etapas en total) que el equipo verde se inscribió entre los grandes de Colombia y se ganó el respeto en todos los rincones del país. Durante gran parte de la década de los cincuenta el club funcionó con el liderazgo que ejercían algunos jugadores como Humberto Álvarez y Ricardo Ruíz, pues Nacional ante la crisis económica no tenía como pagar salarios y fue gracias a la idea de crear «natilleras» que el equipo se sostuvo en el profesionalismo. Desde su fundación el club ha tenido veintitrés presidentes, cuatro presidentes encargados y una comisión conformada por el director técnico y los jugadores.
Para la fundación de la División Mayor del Fútbol Colombiano y por ende del Fútbol Profesional Colombiano en Barranquilla asistió como representante Jorge Osorio Cadavid que se desempeñaba como presidente en el momento. El 20 de diciembre del mismo año, firmó por tres temporadas Jorge Almirón. El 15 de diciembre del 2020 fue presentado como entrenador Alexandre Guimaraes, con el asistente técnico Juliano Fontana. En 2003, Juan José Peláez retornó a la dirección en la que estuvo por dos años y medio y dejó dos subtítulos de Colombia, luego de irse en diciembre de 2004, su asistente técnico, Santiago Escobar -hermano de Andrés Escobar- continuó con el proceso y obtuvo el campeonato en el Apertura 2005. Más tarde, en 2007, el colombo-argentino Oscar Héctor Quintabani obtuvo el bicampeonato, Quintabani estuvo en Nacional entre 2006 y 2008. En 2011, Santiago Escobar retornó para dirigir al equipo luego de cuatro años de malos resultados y logró ganar el Apertura 2011 con su asistente técnico Juan Jairo Galeano también exjugador de Nacional. En 2013 también logró los títulos de la Categoría Primera A del fútbol Colombiano tanto en el Apertura como en el Finalización, venciendo a sus similares de Santa Fe y Deportivo Cali respectivamente, en el Apertura 2014 venció al Junior de Barranquilla, obteniendo su sexto título al mando del club en menos de tres años.
La veteranía de varios de los componentes del plantel, sumado a que Victorio Spinetto, dejó el cargo de director técnico, tras 14 años, hizo que la temporada 1955 fuera otra vez regular y terminó undécimo en el torneo, con la segunda defensa más goleada y la segunda delantera menos efectiva del certamen, que en términos estadísticos hasta ese año, ambos rubros, fueron de los peores de la institución durante toda la era profesional. Mesa fue el quinto presidente de club en menos de cinco años. Para el Campeonato 1987/88, se contrató a uno de los ídolos máximos de la institución como entrenador, Daniel Willington y el plantel fue renovado con varios refuerzos, aunque ninguno de gran jerarquía, sin embargo hubo dos apariciones de juveniles que deslumbraron a los hinchas, el delantero Sergio Zárate -el primero de una dinastía de hermanos de notable talento- y el mediocampista Diego Simeone -por trayectoria internacional, dado que jugó más de 100 partidos en la Selección nacional y 17 años en Europa, el futbolista más trascendente surgido de inferiores-.