Junior gana el torneo al empatar 1-1 con Deportivo Municipal y vencer 1-0 al anfitrión Atlético San Cristóbal y 2-1 al camiseta valencia 24/25 Deportivo Táchira. Termina líder con 5 puntos, superando por 1 punto al Deportivo Táchira. En la Serie Extra, Junior enfrenta a Medellín venciéndolo en un juego y empatándole en el otro, superándolo y ganando una bonificación de 1 punto. En este cuadrangular, Junior termina último con solo 1 punto. Junior pierde un partido y empata el otro en la Serie Extra obteniendo una bonificación de 0,75 puntos y clasificando al Octagonal Final. En el torneo doméstico, Junior termina líder del grupo A de la Copa de la Paz con 22 puntos (2 más que el segundo Atlético Nacional), enfrentándose a América de Cali en la Serie Extra y clasificando al Octagonal Final. En la Copa de la Paz, Junior termina líder del grupo B con 20 puntos sacándole 2 puntos más al segundo, Millonarios, clasificando a la Serie Extra para enfrentar a Once Caldas.
Junior termina cuarto con 5 puntos. En el Octagonal Final termina cuarto con 17 puntos. Al final de este año se marchan del equipo Jesús «Toto» Rubio, camiseta valencia cf el arquero argentino Juan Carlos Delménico y el defensa Gabriel Berdugo. Suplentes: Jaime de Luque, Armando Amaya, Jesús Rubio, Carlos Vidal, Luis Cabeza Sanjuán y Camilo Aguilar. Suplentes: Jaime de Luque, Carlos de la Torre, Rafael Reyes, Fernando Fiorillo, Oscar Fornari. El primer partido jugado en este estadio fue contra la selección de Uruguay. En esta edición también queda en el grupo 4 junto a Danubio de Uruguay, Deportivo Cali y Peñarol de Uruguay. Junior queda ubicado en el grupo A de los Cuadrangulares Semifinales, compartiendo el primer lugar con el América de Cali con 9 puntos, clasificando ambos equipos al Cuadrangular Final. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior terminó líder del grupo B con 8 puntos, 1 más que el segundo Atlético Nacional, clasificando al Cuadrangular Final, en donde enfrentaría a Atlético Nacional, Deportivo Cali y América de Cali. Junior participa en su cuarta Copa Libertadores, quedando ubicado en el grupo 3 junto a Santos de Brasil, camiseta valencia 24 25 América de Cali y Flamengo de Brasil. Junior queda eliminado en la fase de grupos, quedando tercero con 4 puntos.
En el Torneo Finalización, queda tercero en el grupo B con 27 puntos, clasificando al Octagonal Final. Queda ubicado en el grupo 1 junto a Rosario Central, Deportivo Cali y River Plate. En el Octagonal Final, Junior termina segundo con 19 puntos, solo 0,75 puntos por debajo del campeón América de Cali. En el Torneo Apertura, Junior termina cuarto con 32 puntos. En el Torneo Finalización «Chalela y Chalela», Junior termina segundo del grupo B con 24 puntos, a 3 del líder Deportes Tolima, clasificando a los Cuadrangulares Semifinales. En el Torneo Nacional, Junior termina cuarto con 34 puntos obteniendo una bonificación de 0,25 puntos. En el Torneo Nacional, Junior termina 11 con 22 puntos. En el Octagonal Final, Junior termina quinto con 14,25 puntos. En el Torneo Nacional, Junior termina tercero con 31 puntos ganando una bonificación de 0,50 puntos. En 1981, Junior participa en su tercera Copa Libertadores. ↑ «Sedes y Estadios de la Copa América 2016». Copa América Centenario. Con el América de Cali pierde los dos partidos, ganando de bonificación 0,75 puntos.
La selección de fútbol sala disputó su primer partido internacional el 26 de agosto de 2003, donde consiguió ganarle 5-2 a Bolivia, en el marco de la Copa América de Futsal 2003. La selección participa en la Copa América de Futsal organizada por la Conmebol, también en sus respectivas eliminatorias para la Copa Mundial de Fútbol Sala. De pretemporada, Junior participa en el torneo internacional amistoso Copa Ciudad de San Cristóbal, enfrentándose a Deportivo Táchira, Atlético San Cristóbal (ambos de Venezuela) y Deportivo Municipal de Perú. Junior queda campeón al no perder ningún partido en el Cuadrangular Final y cosechar 9 puntos, sacándole 2 de ventaja al Deportivo Cali que quedó subcampeón con 7 puntos. Con este resultado clasificó a las Semifinales, quedando ubicado en el grupo A. Junior termina tercero con 5 puntos, quedando eliminado del torneo. Durante la segunda vuelta se consiguieron 36 puntos, siendo insuficientes para lograr la salvación por méritos deportivos al quedar empatados con la Ponferradina a 51 puntos y quedando relegados a descenso por el «goal average» particular.