Los años 1990 no fueron fáciles para el club, a pesar de que el equipo volvió a la competencia internacional en la extinta Supercopa Sudamericana, de la que participaban los clubes que habían obtenido al menos una vez en su historia la Copa Libertadores de América. El encuentro terminó en el minuto 45 del segundo tiempo, sin marcarse tiempo adicional, a pesar de que el partido había estado suspendido cinco minutos por incidentes entre la policía y algunos simpatizantes visitantes. En esta etapa se destacaron futbolistas surgidos de las divisiones inferiores del club como Ernesto Farías (quinto goleador histórico del club en Primera División), quien tras convertir 95 goles con la camiseta albirroja entre 1998 y 2004, y con solo 24 años, fue transferido al Palermo de Italia, Marcos Angeleri, José Sosa, Marcelo Carrusca o Mariano Pavone, goleador del Torneo Clausura 2005 y jugador que el 17 de abril de ese año convirtió dos goles en la victoria por 3-2 (perdía 0-2 en el primer tiempo) ante quien era el último campeón, Newell’s Old Boys, triunfo que le permitió a Estudiantes alcanzar la marca de 1000 partidos ganados en ligas de la era profesional.
El año 2005 fue, además, el del centenario del club, que celebró este aniversario con algunas complicaciones debido a un litigio de años que mantenía con las autoridades de la ciudad de La Plata respecto de la posibilidad de reformar y ampliar su estadio. La participación comenzó en España, en el Trofeo Ciudad de Barcelona, donde goleó a Real Sociedad, 5-1, con goles de Franco Frassoldati (2), Miguel Ángel Benito, Rubén Pagnanini y Hugo Cabezas, y cayó en la final, con Español, por 2-0. Luego, en Casablanca, disputó el Trofeo Mohamed V junto a Ujpest de Hungría (2-3) y Mouloudia d’Oujda de Marruecos (1-2). La gira continuó en Hungría, con un cuadrangular internacional contra Csepel SC (1-1) y Ferencvaros (1-5), y se cerró en España, con tres amistosos, ante Salamanca (0-0), Las Palmas (1-0) y Tenerife (2-0) por el Trofeo Peña Salamanca, en ambos triunfos con goles de Rubén Horacio Galletti. En su camino al título, Estudiantes comenzó su participación en treintaidosavos de final, instancia en la que eliminó a Independiente de Chivilcoy, del Torneo Federal A, tercera división para los clubes indirectamente afiliados a la AFA, al golearlo por 3-0. Luego, desde dieciseisavos de final, venció sucesivamente a All Boys (1-0), Independiente de Avellaneda (lo venció 3-1 en la definición por penales, tras igualar 1-1 en el tiempo reglamentario), Huracán (2-0) y Boca Juniors (3-2), ya en la instancia semifinal.
Tras el Mundial y el alejamiento de Burruchaga, se hizo cargo de la dirección técnica Diego Pablo Simeone, quien debutó en la vuelta disputada en el Estadio Morumbí de la ciudad de São Paulo, donde el equipo local eliminó a Estudiantes tras derrotarlo por 1-0 y vencerlo 4-3 en la definición por penales. El 7 de julio de 2013, se lo inmortalizó con una estatua que se sitúa en el Museo de la Pasión Boquense, lugar que también es sitio de estatuas de figuras tales como Diego Armando Maradona, Juan Román Riquelme y Martín Palermo. Al término del certamen, y cuando aún le quedaban seis meses de contrato, Diego Simeone anunció su alejamiento del club para hacerse cargo de la dirección técnica de River Plate. En julio de 2014, Giménez firmó contrato por seis meses con el club colombiano de Águilas Doradas de Pereira (Ex Itaguí). En la Copa Libertadores 1976, integró el grupo 1 donde, tras seis partidos en la primera fase, cosechó cuatro triunfos, un empate y una derrota. 3-1, en un decisivo encuentro jugado a cuatro fechas del final del campeonato en el que Tigre, además, se consagraría subcampeón.
Ese año, con el retorno de Carlos Bilardo como director técnico, se conformó un equipo muy equilibrado con jugadores como Miguel Ángel Russo, José Luis Brown, Alejandro Sabella, José Daniel Ponce, Marcelo Trobbiani y Hugo Gottardi (algunos de ellos, luego campeones del mundo en México 1986) que pondrían al club, nuevamente, en el escalón más alto del fútbol argentino. Luis Garisto y Eduardo Solari, respectivamente. Tras las aceptables participaciones en los torneos oficiales de las temporadas 2021 y 2022, bajo la dirección técnica de Ricardo Zielinski, lo más destacado llegaría en 2023. Con Eduardo Domínguez como entrenador, Estudiantes volvió a consagrase campeón de una competencia oficial de fútbol tras 13 años. En la Copa Libertadores 2018, Estudiantes clasificó para la instancia de octavos de final, donde fue eliminado, en la definición por penales, por el campeón vigente del certamen: Grêmio de Porto Alegre. Copa Libertadores, en la que fue eliminado por Internacional de Porto Alegre en cuartos de final. Al tiempo que se confirmó esta decisión, empezó a aparecer su vínculo con un club de Europa. Sebastián Battaglia. El 8 de Diciembre, Boca enfrentó a Talleres en la final de la Copa Argentina 2019-20, en el tiempo reglamentario terminó 0 a 0 en un partido muy trabado y con un jugador menos en la mayor parte del Segundo Tiempo, por la expulsión de Juan Ramírez.